农村合并被叫停的原因主要有以下几点：首先，农村合并可能导致农村土地资源过度集中，加剧农村贫富差距，影响农民的生计和生活稳定。其次，农村合并可能导致农村劳动力失业和转移就业问题，影响农村经济发展和社会稳定。另外，农村合并可能引发土地流转、农村集体经济组织改革等问题，给农村改革发展带来挑战。因此，为了维护农村社会稳定和促进农村经济发展，有关部门决定暂停农村合并，加强政策研究和调整，寻求更加合理和可持续的农村发展模式。